В Генсокье наступает месяц май, но зима не спешит заканчиваться. Тепло все не идет, а метели становятся лишь сильнее. Жрице "Хакурейского храма" Рейму Хакурей надоело мерзнуть, и она отправляется в путь, дабы установить причины столь странной погоды. Волшебница Мариса Кирисаме замечает летящие лепестки сакуры и удивляется тому, что весна где-то уже пришла. Это побуждает ее начать собственные поиски. В "Особняка Алой Дьяволицы" заканчиваются зимние запасы еды, поэтому главная горничная Сакуя Изаёй отправляется в путь, дабы покончить с затянувшейся зимой. В зависимости от вашего выбора одна из них отправится на расследование инцидента. 

Девушки имеют по два типа спелл-карт. У каждой свой уникальный тип атаки. Рейму Хакурей покрывает пулями широкую область экрана, но они наносят мало урона. Мариса Кирисаме напротив имеет узкую область поражения, но огромный урон. Сакуя Изаёй атакует еще шире, чем Рейму, но сложна в маневрировании. 

В "Perfect Cherry Blossom" в отличие от "Embodiment of Scarlet Devil" есть система очков "Cherry". Стрельба по врагам увеличивает количество очков "Cherry", а использование бомб или смерть - уменьшает. При накоплении 50000 "Cherry" очков на "Cherry Meter" девушка получает временную защиту. Другая важная особенность игры - появление  видимого при использовании режима фокуса хитбокса, и курсора внизу экрана, указывающего на расположение босса на карте. В остальном седьмая часть сохранила все черты предыдущей игры, включая противо-бомбовую систему, систему "продолжений" и уникальные наборы диалогов для каждого сценария.

В поисках ответа героиня бредет по заснеженному лесу, где ей приходится сразиться в начале с феей льда Чирно и ёкаем зимы Летти Вайтрок, которые были слишком слабы, чтобы оказать достойное сопротивление. Хотя у них было достаточно причин чтобы желать вечной зимы, не они вызвали инцидент. Дальнейшее расследование приводит героиню в деревню "Маёхига", где на нее нападает некомата Чен, которая тоже проигрывает. Тем не менее, этот бой ни на йоту не приблизил героиню к решению проблемы. Подсказку даёт Алиса Маргатроид, указывающая после своего поражения на летящие с неба лепестки сакуры. Следуя за лепестками, героиня наталкивается на Лили Вайт, которая слишком "эмоционально" встречает приход весны - потоком данмаку и неизбежной дуэлью. Наконец, девушке удается обнаружить магический портал, ведущий в "Мир Мёртвых", но путь ей преграждают Сестры Призмривер. Происходит очередная битва, течение которой зависит от того, какую из сестер атакуют. Победив их, героиня преодолевает барьер, защищающий портал, и оказывается в "Хакугёкуро", где наталкивается на получеловека-полупризрака Ёму Компаку. Та объясняет, что забрала всю весну из Генсокё, чтобы помочь расцвести вишне-ёкаю Сайгё Аякаши. Победив Ёму, девушка сталкивается лицом к лицу с принцессой призраков Ююко Сайгёдзи. Ююко говорит, что хочет  сломать печать, наложенную на Сайгё Аякаши, дабы вернуть душу, запечатанную в ней. Для этого необходимо полное цветение вишни-ёкая. Начинается битва за частичку "весны", находящуюся внутри героини. Без этого идеальное цветение Сайгё Аякаши и возвращение весны в Генсокьё невозможно. Победа над Ююко приводит к тому, что Сайгё Аякаши начинает терять свою жизнь. Но печать настолько сильно ослабляется, что спящая под деревом душа ненадолго вырывается из заточения. Это душа самой Ююко, которую использовали когда-то, дабы запечатать силу вишни-ёкая, убивающей людей. Девушке приходится уворачиваться от яростных атак до тех пор, пока душа Ююко вновь не окажется запечатанной. 

Спустя несколько дней Ююко просит героиню об одном одолжении. Для того, чтобы похитить весну, подруга Ююко - Юкари Якумо - ослабила границу между Генсокьё и "Хакугёкуро". Теперь же границу надо восстановить, а Юкари, судя по всему, забыла про это. Героиня направляется к Юкари, чтобы передать просьбу, но на её пути встает здоровая и куда более сильная, чем в предыдущем бою, Чен. После победы над ней появляется Ран Якумо. Оказывается, что Чен - её сикигами. Теперь Ран вступается за свою подопечную. Героиня понимает, что победив Ран, она наверняка привлечет внимание Юкари, но после битвы та так и не появляется. Ран объясняет, что надо прийти ночью, так как весь день её хозяйка спит. В следующий раз героиня одерживает еще одну победу над Ран. Появляется Юкари и происходит последний бой, после которого она признает свое поражение и восстанавливает барьер между Генсокьё и "Миром мертвых".

Сайгё Аякаши - вишня-ёкай. Когда-то очень давно отец Ююко, талантливый поэт, предчувствуя свою скорую смерть, пришел умирать под самую красивую вишню, которую смог найти. Слухи о красоте вишневого дерева быстро распространились по окрестностям. С тех пор дерево стало еще прекрасней, а умирающие люди, соблазненные его красотой, засыпали вечным сном под его цветами. Чем больше людей умирало, тем больше становилась сила и красота вишни, пока она, наконец, не стала ёкаем. Это привело к тому, что красота и очарование Сайга Аякаши стало настолько сильным, что оно сводило с ума всех, кто увидит его, вынуждая их умереть у его ствола. Вишня стала слишком опасной, и неизвестные герои запечатали цветение Сайгё Аякаши, использовав тело некой девушки.